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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/1皇马足球网站0赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

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北京时间2014年10月15日凌晨举行的2016年欧锦赛预选赛塞尔维亚队对阿尔巴尼亚队的比赛因现场意外爆发政治冲突而被迫叫停。两方球员为争夺这面旗帜爆发了冲突比赛进行过程中，一架远程操控的无人机突然闯入现场，该飞机还携带了一面科索沃（领土争议地区）的旗帜，并写有挑衅标语。无人机飞入赛场后，塞尔维亚前锋亚历山大·米特洛维奇纵身跃起，皇马足球网站扯下这面旗帜，并与试图保护旗帜的阿尔巴尼亚球员发生了冲突，随后比赛现场就陷入了混乱。